Matriz de puntucion especifica de la posicion que es
La puntuación obtenida indica la probabilidad de pertenencia a dicha familia. Detecta patrones sutiles que una matriz genérica podría pasar por alto. La creación de una matriz de posición requiere un alineamiento múltiple de calidad. Estas bases de datos facilitan la búsqueda de homólogos.
Se basan en las diferencias y similitudes entre secuencias. Permiten detectar relaciones evolutivas débiles entre proteínas. El uso de matrices específicas de posición mejora la sensibilidad en búsquedas. Si la familia está sesgada hacia ciertos aminoácidos, la matriz reflejará esto.
Ahorran tiempo y recursos computacionales. Algunas posiciones toleran más sustituciones que otras. Una familia diversa genera una matriz más robusta. El usuario debe comprender los parámetros y las limitaciones del software. La matriz de puntuación específica de posición valora cada aminoácido según su contexto.
La selección cuidadosa de las secuencias es fundamental. Estas matrices son una herramienta poderosa para el análisis filogenético. Se construye analizando múltiples alineamientos de secuencias homólogas. Su detección permite predecir sitios de unión a ligandos o a otras proteínas.
Permiten una inferencia funcional más informada. Es importante considerar este sesgo al interpretar los resultados. Comparan una secuencia problema con perfiles de familias proteicas. Permiten construir árboles evolutivos más precisos. Una matriz específica de posición refleja el perfil de conservación aminoacídica.
La matriz captura la historia evolutiva de cada familia. El rendimiento de una matriz específica de posición depende de la calidad de los datos.